Ağdamın qədim ərazi olmasını sübut edən faktlardan biri Əfətli kəndində yerləşən Çalağan təpəsində 7 min il yaşı olan buğdanın tapılmasıdır.
İkinci fakt bu ərazidə arxeoloji axtarışlar zamanı sovet dövründə kəşf edilən, bütün infrastrukturu ilə təmin edilən Eniana şəhərinin olmasıdır. Orta əsr mənbələrində Yunan Íōnes şəhəri kimi də qeyd edilir.
Məşhur yunan-Roma coğrafiyaçısı Strabon əsərlərində qeyd edir ki, Xəzər dənizi yaxınlığındakı dağın ətəyində vitilərin ərazisində enianlar möhkəmlənmiş şəhər salaraq, onu Enian adlandırdılar. Burada onlar yunan silahlarını, mis qabları və qəbirləri nümayiş etdirirdilər. Bu fakt Enianın həqiqətən də yunanlar tərəfindən salındığını sübut edir.
Bəlkə də onlar şəhərin əsasını qoyan yunanların və yerli sakinlərin əcdadlarıdır. Amma enianlar qonşu xalqların yaddaşına elə yerli əhaliyə verilmiş yunan adı ilə həkk olundu. Vitilər erkən orta əsrlərdəki utilər və müasir udinlər idi. O zaman onlar Qarabağ düzənliyində məskunlaşmışdılar.
Buradan belə nəticə çıxır ki, Enian özü də Ağdam rayonu ərazisinə daxil olub. Sonra bu ad Aluen və ən sonda Yunanla əvəzlənib. Gövürqalanın eradan əvvəl III əsrdən deyil, eramızın III əsrindən mövcud olması faktı isə onun lazımı səviyyədə öyrənilməməsi ilə bağlıdır. Bu fakt başqa cür də izah oluna bilər. Orta əsrlərdə şəhərlərin işğalı zamanı yerli sakinləri qarət edir və öldürürdülər. Buna görə həmin vaxt şəhər camaatı qaçıb ətrafdakı meşə və çöllərdə gizlənirdilər. Qoşunlar çıxıb gedəndən sonra isə yerli sakinlər heç də geri qayıtmır, gizləndikləri yerdə şəhər salıb yaşamağa başlayırdılar. Bundan əlavə, hökmdarlar da bu və digər səbəbdən şəhər sakinlərini başqa yerlərə köçürürdülər. Bu cür hadisələrlə tarixdə dönə-dönə qarşılaşmışıq. Məsələn, hazırkı Gəncə Nizaminin yaşadığı Gəncədən 5 km, Şəmkir isə orta əsrlərin Şəmkirindən 15-20 km aralıda yerləşir.
Beləliklə, deyə bilərik ki, Ağdam bir yaşayış məskəni kimi Makedoniyalı İsgəndərin yürüşlərinin təsadüf etdiyi e.ə. IV-III əsrlərdə də olub.
Sonradan burada yerli əhali məskunlaşsa da, qonşu xalqlar üçün “yunanların şəhəri” kimi qalıb. Enian şəhərinin adı da buradan götürülüb. E.ə. III əsrədək şəhər Kiçik Qafqazın qapısı rolunu oynayıb. Onların zənnincə, IX və X əsrlərdə Beyləqandan Yunan şəhərinədək olan məsafə 7 fərsəng və ya bir günlük yol olub. Yunandan Bərdəyə qədər olan məsafə də elə bu qədər olub. 1 fərsəng isə təqribən 7 km-ə bərabərdir. Buradan belə nəticə çıxır ki, Yunanla Bərdə və Beyləqan bir-birindən 50 km (7 km x 7 fərsəng) aralıda yerləşib. Bərdə ilə Beyləqan arasındakı məsafə 100 km, Bərdə ilə Örənqalanı birləşdirən quru yolun uzunluğu isə 60 km təşkil edib. Amma ticarət yolları üzərində yerləşən şəhərlər arasındakı məsafə daha dəqiq hesablanırdı. Bunu Azərbaycanın şəhərləri ilə Yaxın və Orta Şərq arasındakı məsafələr barədə qeydlər də sübut edir. Odur ki, 14 fərsəngi (100 km) 8,5 fərsəng (60 km) kimi qəbul edib, 40% səhv etmək mümkün deyildi. Bundan əlavə, iki şəhər arasındakı məsafə indinin özündə də onları birləşdirən yolun uzunluğu ilə ölçülür.
Bunu nəzərə alan tədqiqatçılar Bərdə və Beyləqandan 50 km (7 fərsəng) aralıda axtarışlara başlayırlar. Onlar düşünürlər ki, şəhər Bərdə və Beyləqandan şərqdə yerləşə bilməzdi. Deməli, söhbət qərb ərazilərdən, Kür çayının o tayından gedirdi. Kürlə isə ticarət yolu yalnız Bərdədən sonra kəsişir.
Bu müddəaları nəzərə alaraq, arxeoloqlar Yunan şəhərinin məhz Ağdam ərazisində yerləşməsi qərarına gəlirlər. Maraqlıdır ki, Ağdamda orta əsr şəhər yerinə bənzər ərazi mövcuddur. Bu, Ağdamdan 18 km şimal-qərbdə Boyəhmədli kəndindəki Gövürqaladır. Eyni zamanda buranı ərəb səyyah və tədqiqatçılar Yunan şəhəri də adlandırıb. Kufi (IX əsrin sonu – X əsrin əvvəlləri), İstəxri (X əsrin birinci yarısı), İbn Haukal (X əsrin ikinci yarısı), Müqəddəsi (X əsrin ikinci yarısı) və Yakutun (əvvəlləri) XIII əsr) əsərlərində buna rast gəlmək olar.
Arxeoloji qazıntılar zamanı buradan muncuq, toxuculuq alətləri, daşdan tikilən evlər, bütpərəstliyə və xristianlara məxsus məbədlər, qəbiristan və s. aşkar edilmişdir. Tapıntılar içərisində Suriyada hazırlanmış şüşədən olan ətir qabı, Bizans imperatoru I Anastasinin (491-581) pulu və digər əşyalar da vardır. Əgər Gövürqalada aşkar olunmuş bu qalıqlar erkən orta əsrlər dövrü üçün səciyyəvidirsə, ondan bir qədər cənubda “Xırmanlar yeri” deyilən sahədə tədqiq edilmiş əzəmətli məbəd kompleksi son antik dövrə aiddir. Bu məbəd iri çiy kərpiclərdən hörülmüş bir neçə otaqdan və ümumi sahəsi təxminən 210 kv.m olan salondan ibarətdir. Kompleksin divarlarının qalınlığı 2,1 metrdir.
Və maraqlı hadisələr bundan sonra başlanır. Tarixçi alim Rəhim Vahidov və arxeoloq alim Rəşid Göyüşov buranı tədqiq edən ilk alimlərdəndir. Onlar burada dünyada nadir hallarda rast gəlinən şəhər modelinin olduğunu qeyd edirlər. Şəhərə bulaq suyu keramika borularla verilirdi. Kanalizasiya sistemi qurulmuşdu, daş yolları vardı. Evlərin tikilişi elə formada idi ki, müasir şəhər standartlarına uyğun gəlirdi. Sovetlər dərhal bu axtarışları dayandırlar. Çünki ortaya çıxacaq fakt Qarabağın ən qədim türk məskəni olarağını sübut edəcəkdi. Burda tapılan əşyalar nəinki Yunan mədəniyyəti ilə bağlı idi, ondan da qat-qat öncələrə aid türklərə məxsus idi.
Dərhal burada axtarışlar dayandılır və istiqamət Qalatəpə və Beyləqan ərazisinə yönləndirilir və Enian şəhərinin adının sənədlərdən silinməsinə cəhd edilir. Sovetlərin qorxduğu faktlar onunla bağlı idi ki, Enian şəhərinin axtarışları davam etsə, bu coğrafiyanın barəsində yazdıqları saxta tarixlər ifşa edilə bilərdi. Burada tapılan bəzi əşyalar sovet-rus-erməni tarixçilərinin illərlə “sübut” etməyə çalışdıqları faktları alt-üst edirdi.
Moskvadan gələn xüsusi qrup ciddi təyziq göstərərək şəhərlə bağlı müəyyən tapıntıları dərhal özləri ilə aparırlar və bir daha burada axtarış edilməməsi tapşırığını verirlər.
İşğal dövründə ermənilər burada “Tiqranakert” axtarışları edirlər və yüzlərlə arxeoloji tapıntını özləri ilə aparırlar.
Şəhərin Yunan adı ilə bağlı olması onun əhalisinin yunan olması demək deyil. Burda sarmatlar, alban ittifaqına daxil olan türk tayfaları, utilər, kaspilər də yaşayıblar…