1946-cı ilin dekabr ayından mühacirət etmiş Azərbaycan inqilabçılarının bir hissəsi Sovet Azərbaycanına gəldi. Azərbaycannın 34 rayon və şəhərində onların yerləşdirilməsinə şəxsən Pişəvəri özü rəhbərlik etmişdi.
Onun Güney Azərbaycan dövlətinin yaranması istiqamətində Şimali Azərbaycanda fəaliyyəti bəzi qüvvələri narahat edirdi. 1947-ci ilin isti yay günlərində Mir Cəfər Pişəvəri Gəncədə idi. O, tək deyildi. Qonaqlar arasında respublika Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsi katibliyinin rəisi, SSRİ-nin Təbrizdəki konsulunun müavini işlədiyi illərdən Pişəvərinin tanıdığı Nuru Quliyev, general Qulam Yəhya da vardı…
Qonaqlar general Qulam Yəhyanm “Hudzon” markalı avtomaşınında yay gecəsinin sakitliyində Şəkiyə tərəf irəliləməkdə idilər. “Hudzon”un sürücüsü kim idi? Karnik Məkiyan.
Onun mənşəyi DTK rəhbərlərinə yaxşıca məlum idi. Atası İranda Daşnaksütyun partiyasının lideri imiş. Arvadı vaxtilə Britaniyanın İrandakı səfirliyində işləyirmiş. Karnik Məkiyanın adına Azərbaycan SSR Dövlət Təhlükəsizliyi Nazirliyinin şöbəsində şəxsi vərəqə açılıbmış. Məlikyan iki il Abadandakı ingilis şirkəti rəisinin sürücüsü işləmiş və etiraf etdiyinə görə ingilislərin casusu olaraq Cənubi Azərbaycan demokratik hərəkatına qoşulmuş və onlarla bərabər Sovet İttifaqına qaçmışdı.
1944-49-cu illərdə respublika Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsi Yevlax rayon şöbəsinin müdiri vəzifəsində işləmiş Lətif Salayevin şahid ifadəsində deyildiyi kimi, Karnik Məlikyanın xarici kəşfiyyatın agenti olması Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsinin sədri Yemelyanova məlum idi. Buna baxmayaraq, erməni sürücü general Qulam Yəhyanın maşınını sürməkdə idi. Ona hətta Pişəvərini də gəzdirməyi tapşırmışdılar.Azərbaycan xalqının qatillərinə nökərlik edən K.Məlikyan Yevlaxın 14 kilometrliyində maşını qəzaya uğratmışdı… Guya maşını gecə vaxtı sürdüyündən sükan arxasında onu yuxu tutubmuş. Sürücüdən soruşan olmamışdı ki, sükanın ikiyə bölünməsinə baxmayaraq, sənə heç bir xətər dəymədiyi halda necə olub ki, sənin yanında əyləşən Pişəvəri qabırğası əzilmiş, ayağı sınmış, başı yaralanmışdır?
Danışırdılar ki, S.C.Pişəvəri qəzadan bir neçə gün əvvəl AKP MK-nın büro iclasında təkəbbürlü bir generalla sözləşibmiş. Cənubi Azərbaycana aid olan hansısa məsələ üstə mübahisə edibmiş. O qədər həyəcanlanıbmış ki, yerindən ayağa qalxıbmış. İnandırıcı dəlillərlə generalın fikrinin səhv olduğunu göstəribmiş. Bu zaman M.C.Bağırov hiddətlənibmiş. Üzünü S.C.Pişəvəriyə tutub hörmətsizliklə: – Əşşi, otur yerində, – deyibmiş. Sonra gözlərindən eynəyi çıxarıb dəsmalla silibmiş… Sanki bu, S.C.Pişəvərinin yer üzündən silinməyinə bir işarə olubmuş…
Əvvəlcədən qurulmuş maşm qəzasında Pişəvərinin sağ qalması “əməliyyatın” tam həyata keçirilməməsi demək idi. Ona görə də Pişəvərinin ölümü, necə deyərlər, təşkil olunmalı idi.
1947-ci il iyul ayının 11-də Pişəvəri ölümcül halda Yevlax rayon xəstəxanasına gətiriləndə huşu özündə idi. Həkimlərdən xahiş etdi ki, Bakıdan dogma qardaşını gətirsinlər, o, həkim-cərrahdır. Əvəzində Xankəndidən cərrah Əsriyan gəldi. Pişəvəri Gəncədəki iyirmi yaşlı oğlunu yanında görmək istədi. Xəbər çatdırmadılar. İyulun 12-də Bakıdan həkimləri gətirən təyyarə Yevlaxa endi. Artıq gec idi. Pişəvəri cərrahiyyə əməliyyatından ayağa qalxmadı…
Erməni həkimi Ərsinyanın vurduğu zəhərli iynə onun həyatına son qoydu!
Xəstəxanada baş verənlər heç vaxt məlum olmur. Nəhayət, iki gün sonra onun cənazəsi ailəsinə verilir. Bəzilərinə görə qəzadan bir gün sonra, yəni iyulun 12-də Pişəviri vəfat edib. Hətta ölüsünün yanına belə kənar adamların buraxılmasına icazə verilmir. Onun Bakıda dəfn edilməsinə də icazə verilmədikdən sonra Buzovnada dəfn edilir. Daha sonra Pişəvərinin məzarı Bakıda Birinci Fəxri Xiyabana köçürülür.
Bir çox araşdırmaçı və tarixçiyə görə, Seyid Cəfər Pişəvəri birbaşa Moskvanın əmri ilə qətlə yetirilib. Həmin illərdə onun ölümünü araşdıran bir tədqiqatçının da Moskvada bir oteldə müəmmalı şəkildə ölməsi bu iddiaya sübut kimi göstərilə bilər.
Qeyd: Bu gün 21 Azər Hərəkatının 77-ci ildönümüdür.