Azərbaycanda, о cümlədən onun ayrılmaz tərkib hissəsi olan Naxçıvanda XX əsrin 80-ci illərinin sonu 90-cı illərinin əvvəlləri ictimai-siyasi hadisələrin mürəkkəb, dramatik dövrü kimi xarakterizə olunur. Sovet imperiyası rəhbərliyinin Azərbaycanın maraqlarına zidd siyasətinin, ermənilərin Naxçıvana ərazi iddialarının və sərhədlərdə hərbi toqquşmalar yaratmasının Muxtar Respublikanın həyatına ciddi təsir göstərdiyi həmin dövrdə Heydər Əliyevin yenidən siyasi səhnəyə qayıtması xalqın azadlıq uğrunda apardığı mübarizənin qələbə ilə başa çatmasına səbəb oldu.
AzerTimes xəbər verir ki, bunu Milli Məclisin deputatı Kamaləddin Qafarov deyib.
K. Qafarov xatırladıb ki, Azərbaycana, eləcə də Naxçıvana o vaxtkı mürəkkəb vəziyyətdə zəngin siyasi təcrübəyə, diplomatik qabiliyyətə malik müdrik rəhbər lazım idi:
“Belə bir rəhbər Azərbaycan görkəmli dövlət xadimi Heydər Əliyev oldu. O, 1990-cı il iyulun 20-də Moskvadan Bakıya, iyulun 22-də isə doğulduğu Naxçıvana qayıtdı. 1990-cı il avqustun 21-də Naxçıvan Muxtar Sovet Sosialist Respublikasının (MSSR) Ali Sovetinin Rəyasət Heyəti Heydər Əliyevin Naxçıvan MSSR vətəndaşlığı barədə qərar qəbul etdi. 1990-cı il 30 sentyabr parlament seçkilərində o, Nehrəm seçki dairəsindən Azərbaycan SSR-in xalq deputatı, Naxçıvan Trikotaj Fabrikinin kollektivi tərəfindən isə Naxçıvan MSSR-in xalq deputatı seçildi. 1990-cı ilin noyabr ayının 17-də 12-ci çağırış Naxçıvan MSSR-in Ali Məclisinin ilk sessiyası Heydər Əliyevin sədrliyi ilə keçirildi. Həmin sessiyada çox mühüm qərarlar qəbul olundu. Sessiyada Naxçıvan Muxtar Sovet Sosialist Respublikasının adının dəyişdirilərək Naxçıvan Muxtar Respublikası adlandırılması, Naxçıvan MSSR Ali Sovetinin adının dəyişdirilərək Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ali Məclisi adlandırılması, Azərbaycan Respublikasının milli istiqlal rəmzi olan üçrəngli dövlət bayrağının bərpası, onun Naxçıvan Muxtar Respublikasının dövlət bayrağı kimi qəbul edilməsi haqqında tarixi qərarlar qəbul olundu. Naxçıvan Muxtar Respublikasının Аli Məclisi Azərbaycan SSR Ali Sovetinin qarşısında həmin bayrağın bütünlükdə Azərbaycanın rəsmi dövlət rəmzi kimi tanınması haqqında vəsatət qaldırdı. Ulu Öndərin Ali Məclisin Sədri vəzifəsində işləyərkən dünya azərbaycanlılarını bir ideya ətrafında – Vətənə və xalqa xidmət uğrunda birləşməyə səsləməsi və 1991-ci il dekabrın 16-da Ali Məclis tərəfindən “31 Dekabr Dünya Azərbaycan Türklərinin Həmrəylik və Birlik Günü haqqında” Qərarın qəbul edilməsi xüsusi əhəmiyyətə malikdir”. Millət vəkili daha sonra demişdir: “Görkəmli dövlət xadimi Heydər Əliyevin 1991-ci il sentyabrın 3-də Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisində keçirilən fövqəladə sessiyada deputatların və iclas zalının qarşısına toplaşan minlərlə insanın təkidi ilə Ali Məclisin Sədri seçilməsi Azərbaycanın müstəqillik yolunun əsasını qoydu. 1992-ci il martın 22-də Türkiyədə baş nazir Süleyman Dəmirəllə Türkiyə Cümhuriyyəti tərəfindən Naxçıvan Muxtar Respublikasına maliyyə, iqtisadi və texniki yardım göstərilməsi barədə 100 milyon dollar məbləğində kredit ayrılması və hər il 100 tələbənin Türkiyədə təhsil almasını nəzərdə tutan birgə Əməkdaşlıq Protokolu imzalamışdır. 1992-ci
il mayın 29-da Naxçıvanla Türkiyə arasında Araz çayı üzərində tikilmiş “Ümid” körpüsünün açılışı olmuşdur. 1992-ci il avqustun 22-də H.Əliyev İran İslam Respublikasına səfər etmiş, ali dini lider Ayətulla Xameneyi, İran İslam Respublikasının prezidenti Əli Əkbər Rəfsəncani və digər rəsmi şəxslərlə görüşmüşdür. Bu səfərin nəticəsi olara Naxçıvan Muxtar Respublikası ilə İran İslam Respublikası arasında müxtəlif sahələrdə əməkdaşlığa dair protokolları imzalamışdır.
Beləliklə, 1991-1993 -cü illər arasında ümummilli lider Heydər Əliyev Naxçıvandakı hakimiyyəti dövründə Muxtar Respublikanı geniş tərəqqi yoluna çıxarmağı bacardı və bu proseslər onun Azərbaycanı yaranmış çox çətin vəziyyətdən çıxaracağına sonsuz inam yaratdı. Hadisələrin sonrakı inkişafı və davamlı dinamik tərəqqi və sosial rifah dövrünü yaşayan mövcud Azərbaycan reallıqları göstərdi ki, xalqımız H.Əliyevi Azərbaycanı xilas etmək üçün Bakıya çağırmaqla çox düzgün tarixi seçim etmiş, ölkəmizi əsl fəlakətdən qurtarmışdır”.